生物藥學研究所
生物藥學所成立於1994年，成立宗旨為利用現代的分子及細胞生物學知識及技術，本所主要是針對癌症、代謝疾病及老化相關致病機轉做深入探討，並從中找出適當的標靶，進而展開老藥新用、健康食品以及新藥的研發，涵蓋範圍由生物製劑到小分子藥物、中草藥和再生醫療製劑。整合研發能量與業界需求，招收國際學子，鼓勵學生們積極參與學術研討、產業界及國際交流、以及企業參訪等活動，除了基礎的專業科目外，更加強最新的觀念與技術，讓學生未來更具競爭力，並且能學以致用。生藥所秉持著培養以轉譯醫學為導向，具有藥物開發能力高階研究人才的教育宗旨，除了培養學生們的實作能力外，本所在課程設計上，以基礎生物藥學為基礎，包含有分醫層次的生理、病理、藥理、細菌、免疫、病毒相關知識，配合日新月異的分子生物學、細胞生物學、蛋白質生化學、奈米科技，醫藥化學等內容完整規劃與安排。本所教師們執行多項整合型、跨領域、產學合作計畫以及跨校研究計畫，積極推動與業界合作的夥伴關係，並與臨床醫師們合作，藉此培養學生寬廣視野與藥物研發多元能力。透過「教研相長」的方式，指導學生從事極具「轉譯潛力」的基礎研究，以解決臨床需求為導向，由基礎走向臨床，期望將此教學理念與特色不僅深植於所上師生乃至於全球生技製藥產業界人士的腦海中；讓所有人一提到陽明交通大學生物藥學所，即可聯想到是「培育藥物」開發的專業優秀人才的研究所，這也成為驅使本所師生持續努力和堅守崗位的最大動力。
食品安全及健康風險評估研究所
2017年成立食品安全及健康風險評估研究所，而該所將以本校特有強而有力的科學醫學量能為基礎，支持食品安全及健康風險評估機能，規劃完整的食品安全及健康風險管理之教育課程，涵蓋食品製程管理、食品分析和食品法規管理等方面的知識， 使學生能依其興趣及所需，研習食品安全及健康風險評估、風險管理、風險溝通和食品安全衛生法規等專業。此外，還配合專業進行多方交流與產官學研單位合作，期以達到學用無落差，培育產、官、學研界急需之食品安全管理一流人才，並培養學生自我終身學習的能力，加強其競爭的優勢，並與國際接軌的食品安全。
藥學系
2016年正式成立藥學系，本系教育宗旨是「發展前瞻智慧藥學，服務社會」。本系採用符合世界趨勢的六年制藥學教育，以菁英教學的方式，規劃完整的藥學教育課程，涵蓋藥物科學研發、臨床藥學專業和社會與管理藥學的新知，配合專業課程規劃多面向的實務訓練，以達「培育具備人文素養與關懷、藥學專業知識及臨床藥學技能，且有科學論證、終身學習及團隊合作能力的藥學領導人才」之教育目標。另規劃進階藥學研究，學生依其興趣，加深加廣修習藥物科學、臨床藥學、藥業、社會與管理藥學等專業。隨著現代醫療技術的進步，鼓勵本系學生應用人工智慧（Artificial intelligence，AI），發展AI加值藥學，提升藥學之專業。配合專業課程，規劃和產/官/研/臨床藥學等先進的多方交流，縮短學用落差，增加競爭力。
2019年成立藥學系碩士班，碩士班的教育目標在於「培育具創新技能、科學論證及終身學習能力之進階藥學研究人才」。碩士班之藥學領域涵蓋藥物科技、臨床藥學及社會與管理藥學等三大領域，規劃加深加廣的藥學專業進階課程，以培養其進階研究之能力。同時和產/官/研/臨床藥學等先進的多方交流，縮短學用落差，培養從事藥物研發、臨床藥學專業服務及社會與管理藥學等進階藥學領域專業人才，並與國際接軌。
醫藥品法規科學博士學位學程
2023年成立「醫藥品法規科學博士學位學程」，因應全球醫藥品法規發展日益受到重視，並滿足醫藥生技產業趨勢所需之法規高階管理人才，自112學年度開始招生。由於科技的進步，醫療健康相關產品(簡稱醫藥品)，包含藥品、醫材、食品，不論在形態、材料及作用機轉，皆有巨大的改變，例如藥品類，由傳統的小分子發展至大分子，如蛋白、RNA、DNA等，進而細胞治療；軟體、AI、穿戴式裝置等醫療器材類的蓬勃發展。這些新興科技產品的出現，不僅對醫療行為帶來莫大的衝擊，對於現行規範這些產品的法規，也面臨挑戰，也凸顯了法規科學在主管機關面對未來科技的快速發展，所扮演的角色。合宜的衛生法規，不僅可以保障這些產品的有效性及安全性，更可以讓這些新興產品，盡早進入市場，嘉惠病人，同時推動國內生技醫藥研發與產品開發，促進產業發展。